A escaseza crítica de sementes de calidade de variedades produtivas e adaptativas é probablemente a principal limitación para a produción de pataca nos países de SSA. O rendemento e a calidade da pataca producida depende da calidade da pataca de semente plantada. A maioría dos pequenos agricultores de SSA reciclan as patacas de semente durante varias tempadas, o que resulta en baixos rendementos de calidade inferior debido á dexeneración das sementes, que é causada por enfermidades transmitidas polas sementes. Tamén se sabe que moitos pequenos agricultores salvan das súas colleitas pequenos tubérculos que non poden vender como semente, aumentando a probabilidade de infección polo virus, incluíndo virus moi importantes que reducen o rendemento: o virus do rollo da pataca (PLRV) e o virus Y da pataca (PVY). Peor aínda é que hai agricultores que usan patacas para sementes que compran de fontes descoñecidas, aumentando as posibilidades non só de propagar virus, senón tamén de diseminación do marchitez bacteriano (BW) causado por Ralstonia solancearum, entre outras varias enfermidades transmitidas por sementes que se sabe que reducen o rendemento.
Sendo conscientes desta tendencia tan perigosa, as organizacións públicas de investigación, os agricultores comerciais, as ONG e o sector privado apoiaron a produción de sementes de mellor calidade mediante sistemas formais, intermedios (tamén chamados alternativos) e informais. O sistema formal de sementes, que segue estritos procedementos de produción e certificación de sementes, é a forma máis segura de producir sementes de calidade. A certificación de pataca de semente máis estrita é practicada en Kenia polo Servizo de Inspección Sanitaria das Plantas de Kenia (KEPHIS). Non obstante, a semente formal cobre só menos do 5% dos requisitos de sementes de pataca nos países máis exitosos como Kenia, e segue sendo menos do 3% na maioría dos países de SSA. Este sistema produce sementes caras que os agricultores non poden pagar facilmente, e a produción limítase a só uns poucos lugares, aumentando os custos de transporte para chegar aos agricultores. Isto, unido á pequena cantidade que produce, non o converte nunha solución eficaz de problemas, senón na base para sistemas posteriores. O sistema alternativo ou intermedio ten tanto os compoñentes formais como os informais e prodúcese máis preto dos agricultores. Este sistema segue na súa maioría un sistema de produción de sementes de calidade declarada (QDS) seguindo certos criterios, que poden variar entre os países. En Etiopía, aínda que é menos estrito que o formal en canto á infección e pureza do virus, ten tolerancia cero ao BW, xa que é a enfermidade máis devastadora da pataca no país. Kenia tamén ten tolerancia cero ao BW. Este tipo de semente é producida por agricultores comerciais adestrados, cooperativas e algúns pequenos agricultores avanzados. Estes produtores obteñen sementes básicas dos centros de investigación (sistema formal) e agroman aínda máis a semente para obter cantidades segundo a normativa QDS. A semente que producen é inspeccionada polos inspectores do goberno, por exemplo, en Etiopía tanto no campo como na tenda (tenda de luz difusa, DLS). Esta semente pode infectarse con BW no proceso de produción de QDS se o chan está infestado coa bacteria. Desafortunadamente, isto non pode ser detectado facilmente polos inspectores porque só realizan unha inspección visual.
Para poñer en marcha un sistema de produción de sementes de calidade forte para mellorar o rendemento dos tres sistemas comentados anteriormente, a dispoñibilidade de pataca de semente de primeira xeración limpa é un requisito previo. A maioría dos países de SSA, entre outros, Burundi, Etiopía, Kenia, Malawi, Ruanda, Tanzania e Uganda dispoñen de infraestruturas básicas, que inclúen laboratorios de cultivo de tecidos, aeroponía e cribas onde se producen minitubérculos limpos a partir de plántulas in vitro. Nalgúns destes países, as unidades de aeroponía non se utilizaron de forma eficiente debido ao corte de enerxía e á escaseza de nutrientes. Ademais, é evidente ter en conta que existe a posibilidade de difundir BW con sementes de primeira xeración porque as probas de BW en todas as fases da produción de sementes de primeira xeración a partir dos minitubérculos non se realizan de xeito estrito. Algúns estudos demostraron que a BW se difundiu a zonas altas non tradicionais con movemento de sementes probablemente desde centros de investigación.
A pesar de todo isto, algunhas tendencias en relación á produción de sementes de calidade son alentadoras, por exemplo, a granxa Kisima produce unhas 200 ha de pataca de semente ao ano que está oficialmente certificada como limpa. En Etiopía, moitas cooperativas e algúns agricultores comerciais tamén producen QDS de calidade aceptable, o que supón un paso na dirección correcta. Calquera apoio concedido á produción de sementes de calidade para vender aos produtores de pataca en SSA contribuirá á transformación da industria da pataca, permitíndolle contribuír significativamente á seguridade alimentaria e aos ingresos das familias e á macroeconomía dos respectivos países.
Granxa Kisima é o maior produtor certificado de pataca de semente de Kenia que proporciona preto do 75% do total de pataca de semente certificada dispoñible no país. Produce pataca de semente para os agricultores variedades preferidas que son principalmente KALRO/CIP e algunhas variedades HZPC en función da demanda. Anualmente, produce máis de 4000 toneladas de patacas das cales o 75% é cualificada como semente cun tamaño de tubérculo de 28-45 mm (tamaño 1) e 45-60 mm (tamaño 2). Para garantir que a pataca de semente que produce estea limpa, parte de plántulas in vitro que obtén de GTIL e Stokmen Rozen e crece en aeroponía para producir minitubérculos que posteriormente se acumulan en cantidades en chan limpo.
Moitos multiplicadores de sementes a pequena escala, individualmente ou organizados en grupos, comezaron a cultivar sementes de calidade a partir da semente certificada que compran na granxa Kisima, que venden a outros produtores de pataca. Estes agricultores gañaron moito diñeiro xa que os seus rendementos aumentaron preto dun 60%, o que provocou un aumento correspondente nos ingresos dos fogares. Os agricultores non sempre teñen que percorrer longas distancias ata Kisima para conseguir sementes de calidade porque os produtores de sementes a pequena escala póñena dispoñible preto deles.